국세청, 신고기한 이전에 미리 신청하면 심사결과 신고내용에 신속 반영 

우선심사대상에 '혁신성장유형 벤처기업 확인 목적', '신성장·원천기술' 추가

작년 2천440개 기업 사전심사 신청…신청건수 2020년 대비 58% 증가

 

연구·인력개발비 세액공제시 사후검증 부담을 해소할 수 있는 사전심사 우선 처리대상에 ‘혁신성장유형 벤처기업 확인 목적’ 및 ‘신성장·원천기술’ 등이 추가된다.

 

작년까지는 연구·인력개발비 세액공제 사전심사시 수출중소기업 등 미래성장 세정지원기업에만 우선 처리제를 적용해 왔다.

 

우선 처리 대상으로 지정되면, 조기처리 가능한 국세청 직원이 담당자로 지정되고, 접수 이후 14일 경과시에는 진행 상황을 전화로 안내받을 수 있으며, 심사결과 통지서를 우편발송 전에 이메일 등으로 먼저 받아볼 수 있다.

 

또한 접수 이후 사전심사가 부득이하게 1개월 이상 소요되는 경우에는 처리 지연 사실 및 사유를 통지받게 된다.

 

특히 사전심사 결과를 법인세 및 소득세 등에 적시 활용할 수 있도록 올해부터 신청인이 지정하는 세무대리인에게 심사결과가 자동 통보된다.

 

국세청이 지난 2020년부터 연구·인력개발비 세액공제 신청의 적정여부를 전담팀이 사전에 확인해 주는 연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 운영 중인 가운데, 지난해 총 2천440개 기업이 신청하는 등 제도가 도입된 2020년(1천547건) 대비 58% 이상 증가한 것으로 19일 집계됐다.

 

연구·인력개발비 세액공제 사전심사는 신청인이 심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영해 법인세 및 소득세 등을 신고할 경우 심사신청 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면 사후관리 대상에서 제외된다.

 

또한 사전심사 이후 세무조사 등으로 인해 심사결과에 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고 가산세가 면제된다.

 

무엇보다 전담팀이 심사과정에서 상세한 컨설팅으로 연구·인력개발비 세액공제 요건 구비를 도와주고, 결과에 대한 설명과 함께 보완사항 등을 알려주는 등 향후 발생할 수 있는 세무상 위험을 줄일 수 있다.

 

이와 관련, 국세청은 사전심사 신청 건에 대해 세법상 연구개발 해당 여부와 비용 적정성 등 두 가지 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토하고 있다.

 

 

신청 대상은 여러 가지 연구과제가 있는 경우 세부 과제별로 여러 번 신청할 수 있고, 연구개발 활동 여부 심사만 별도로 신청하는 것도 가능하다.

 

다만, 세액공제를 이미 신청했거나 정당한 사유 없이 답변이나 자료 제출을 거부하는 등의 경우 해당 신청건은 사전심사에서 제외될 수 있다.

 

사전심사는 비대면 서면심사가 원칙이나, 제출된 서류만으로 정확한 판단이 어려울 경우 보완을 요구하거나 신청인 동의 하에 현장 확인을 할 수 있다. 도한 제출한 모든 문서는 암호화하고 열람권한도 심사 담당자로 제한되기에 정보보안에 대해서는 염려가 없다.

 

세무검증 부담을 덜고 정보보안 걱정도 없는 국세청 연구·인력개발비 세액공제 사전심사는 내국법인과 거주자(개인사업자)라면 신청할 수 있다.

 

신청기한은 법인세 및 소득세 신고시 세액공제를 적용받고자 하는 경우 신고전까지 사전심사를 신청하면 되며, 신고 기한에 임박한 신청의 경우 결과가 지연될 수 있기에 가급적 조기에 신청해야 한다.

 

또한 신고이후라도 세액공제 신청 누락분에 대해서는 경정청구·수정신고·기한후 신고전까지 신청이 가능하다.

 

신청방법은 홈택스와 우편, 방문접수를 통해 신청이 가능하며, 홈택스로 신청할 경우 ‘심사 진행상황 확인’, ‘신청서류 체크리스트 제공’, ‘사전심사 결과 공유 세무대리인 지정’ 등 다양한 편의기능을 누릴 수 있다.

 

신청시 제출해야 하는 서류들로는 ‘연구·인력개발비 사전심사 신청서’, ‘연구개발비 명세서’, ‘연구개발 보고서’ 등과 함께, 기타 공제 대상임을 입증할 수 있는 연구노트·급여대장·재료비집행내역 등의 서류를 제출해야 한다.

 

다만, 연구소 인정서, 지식재산권 등록자료 등 국세청이 자체 수집 가능한 자료는 별도로 제출하지 않아도 된다.

 

한편, 국세청은 더 많은 납세자가 사전심사 제도를 이해할 수 있도록 ‘연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인’과 심사사례를 보완해 국세청 누리집과 홈택스에 게시중이다.

 

이와 함께 작년부터 기업의 실무자가 연구·인력개발비 세액공제 및 사전심사제도를 쉽게 이해할 수 있도록 전문심사관이 진행하는 온라인 설명회를 개최 중으로, 올해에는 3회 이상 실시할 예정이다.